Sur l’enceinte de Philippe-Auguste, est édifié une maison, dite « couvent des Grands Jésuites », demeure des confesseurs des rois, dont le père de La Chaise confesseur de Louis XIV.
La chapelle Saint-Louis de 1582 fut remplacée par l’église actuelle en 1627, La première messe y fut célébrée le 9 mai 1641 par le cardinal de Richelieu, bienfaiteur de l’église en 1634, à qui il offrit les belles portes de chêne sculpté aux initiales de la Compagnie de Jésus. Bourdaloue y fit ses débuts en 1669 et y prononça l’oraison funèbre du Grand Condé en 1687. Bossuet et Fléchier y prêchèrent également. Dans la chapelle primitive avait été baptisée en 1626 Marie de Rabutin-Chantal, future Mme de Sévigné.
La visite se termine par la sacristie qui date de 1643. Elle présente un superbe mobilier de sacristie, trois tableaux attribués à Philippe de Champaigne et le « Christ de la prison de la Bastille ». Ce tableau qui était placé au dessus du maître autel de la chapelle de la Bastille fut placé dans cette sacristie lors de la destruction de la prison.